En la práctica del Derecho, muchas veces se comete el error de confundir estos dos términos, y a pesar de que ambos son una manifestación favor rei, esta confusión es inadmisible. Tenemos que tener en cuenta el grave peligro que pueden correr nuestros poderdantes, al momento de representarlos como víctimas en un proceso. Y en el caso contrario, cuando actuamos en defensa debemos ser muy cuidadosos al exigir que se aplique el uno o el otro en favor de nuestro defendido.
En primer lugar, en cuanto a su connotación la Presunción de Inocencia es considerada un derecho fundamental (Art.24.2 de la Constitución Española. Mientras que el In Dubio Pro Reo es un Principio del Derecho Penal Constitucional.
Pero, como lo ha señalado la jurisprudencia en muchas de sus sentencias, ambos preceptos cuentan con una diferencia esencial para su aplicación. Ella radica en el hecho de que si bien, la presunción de inocencia “pertenece al convencimiento subjetivo del órgano judicial” , además está protegida por la vía de amparo (STC 16/2000). El In Dubio Pro Reo por otra parte “sólo entra en juego cuando existe una duda racional sobre la real concurrencia de los elementos del tipo penal. Todo ello aunque se haya practicado una prueba válida con cumplimiento de las correspondientes garantías procesales”(STS 2 de Octubre de 2005).
Por lo anterior, es imprescindible en el ejercicio de la abogacía tener siempre claras estas diferencias. Ya que de no aplicarse cualquiera de ellos de forma correcta se puede llegar a condenas injustas. No podemos perder de vista siempre que la duda “afecta a la propia existencia del hecho ilícito, las circunstancias de dicho hecho, la participación del acusado y, en definitiva, cuanto concierne “a algún elemento fáctico relevante” (STS 29 de noviembre de 2006, y 5 de julio y 28 de septiembre de 2004).